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生物数据库-车型库数据

发布时间：2023-02-09 16:14 浏览次数：次作者：佚名

在下图所示的几种microRNA的命名法中，你能准确说出命名法各部分的含义吗？

为什么有些后缀有字母而有些没有？

命名法中的数字是什么意思？

不同的字母有什么不同的含义？

星号 (*) 表示什么？

后缀 3p 和 5p 有什么区别？

let 和 miR 有什么区别？

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在心里默默的想着答案。如果有些问题还是不能准确回答，请仔细阅读本扫盲贴，小薇会一一为您解答~

首先我们简单回顾一下什么是miRNA和相关数据库

(1) microRNA(miRNA)是由基因组编码的一组长度约为20-23个核苷酸的非编码RNA，通过与目的基因碱基配对，引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译mRNA。 miRNA在物种进化过程中相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNA大多在特定的组织和发育阶段表达。

(2) miRBase数据库()是存储miRNAs信息最重要的公共数据库之一，提供发表的miRNA序列和注释信息。此外还有miRDB、miRanda、TargetScan、miRTarBase等数据库。

接下来，我们重点介绍 miRNA 名称和编号的含义

(1) 成熟miRNA命名法（以动物miRNA为例）

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① 对于命名规则确定前发现的miRNA，保留原名，如hsa-let-7。

② miRNA前体转录本以“mir”命名，成熟miRNA以“miR”命名，按种名和发现序列加阿拉伯数字，如hsa-miR-122；

③高度同源的miRNA，数字后面有英文小写字母（a,b,c,…）生物数据库，如hsa-miR-34a、hsa-miR-34b、hsa-miR-34c等；

④由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNAs（microRNAs），加入阿拉伯数字区分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2；

⑤通常一个miRNA前体的长度在70~80nt左右，很可能是两条arm分别产生miRNA（microRNA）。

(2) 不同物种命名的差异

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①动物：

miRNA前体：动物物种缩写+“-”+mir+“-”+命名顺序，如hsa-mir-122；

miRNA成熟链：动物种属缩写+“-”+miR+“-”+命名顺序，如hsa-miR-122-5p；

②植物：

miRNA前体：植物物种缩写+“-”+MIR+命名序列，如ath-MIR156a。注：MIR为大写，命名顺序之间无“-”；

miRNA成熟链：以植物物种缩写+“-”+miR+命名，如ath-miR156a。注：miR为小写，与命名顺序之间无“-”；

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③ 病毒：

miRNA前体：病毒种缩写+“-”+mir+命名序列，如bhv1-mir-B1；

miRNA成熟链：以病毒种缩写+“-”+miR+命名，如bhv1-miR-B1。

（三）实例解读

例如生物数据库，对于 hsa-mir-20b，“hsa”告诉我们这是一个人类 miRNA；数字“20”告诉我们它发现的时间很早，是第20个有名字的家族；我们，这个 miRNA 可能与另一个叫做 hsa-mir-20a 的 miRNA 有关； “mir”告诉我们这是一个 miRNA 前体，或基因组位点，或初级转录本，或包含前体的扩展发夹。

hsa-mir-20b 有两个成熟的产品，hsa-miR-20b 和 hsa-miR-20b*（目前，正如您将在下面看到的，这种情况会发生变化）。 “miR”告诉我们这是成熟序列，miR-20b来自miR-20b发夹的5'臂，miR-20b*来自3'臂。 “*”告诉我们 miR-20b* 被认为是“次要”产品。这意味着细胞中 miR-20b* 的浓度低于 miR-20b。 miR-20b* 通常被推断为无功能。

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在修订后的命名法中，放弃了miR/miR*命名法，采用了-5p/-3p命名法，并列使用来表示大致相当的成熟产物。可以理解为：如果没有明显的表达差异，则分别以“-5p”和“-3p”命名。例如，hsa-miR-122-5p和hsa-miR-122-3p表示分别由hsa-mir-122前体的5'端臂和3'端臂加工而来。

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